A DNFM tem por missão prestar apoio técnico e administrativo aos serviços desconcentrados do MAE no domínio da respectiva gestão financeira.

1. Em coordenação com a DNFP, apoiar os serviços desconcentrados do MAE na elaboração das respectivas propostas de orçamento anual;
2. Estudar, desenvolver e propôr sistemas de gestão financeira e de contabilidade pública local para os serviços desconcentrados do MAE;
3. Apoiar e coordenar as actividades de gestão financeira dos serviços desconcentrados do MAE;
4. Apoiar e coordenar os sistemas locais de arquivo da documentação contabilística dos serviços desconcentrados do MAE, em conformidade com o quadro jurídico vigente;
5. Apoiar os serviços periféricos do MAE na elaboração dos respectivos relatórios de contas;
6. Receber, informar e encaminhar para os órgãos e serviços do MAE, com competência em razão da matéria, os pedidos de autorização de realização de despesa, os pedidos de pagamento de despesas, os pedidos de aquisição de bens e serviços ou quaisquer outros documentos provenientes dos serviços desconcentrados do MAE;
7. Conceber e executar um plano de instalação dos serviços das Agências de Fiscalização Municipal;
8. Executar as demais tarefas que lhe sejam atribuídas e que não sejam competência de outro serviço.