A IGAE tem por missão verificar o cumprimento da legislação e regulamentação relativas ao funcionamento dos serviços centrais do MAE e dos serviços da Administração Local do Estado.

1. Avaliar as actividades de gestão administrativa, financeira e patrimonial e recomendar acções com vista à resolução de problemas identificados;
2. Realizar inspecções, averiguações, inquéritos e auditorias aos serviços administrativos com vista a avaliar o regular exercício das competências que lhes estejam acometidas de acordo com a legislação em vigor e com as instruções governamentais aplicáveis e sem prejuízo das competência próprias de outros departamentos do Estado;
3. Apreciar queixas, reclamações, denúncias e participações e realizar acções inspectivas em caso de suspeita de violação da legalidade ou de funcionamento irregular ou deficiente dos serviços administrativos;
4. Apresentar propostas de medidas legislativas ou regulamentares ou da prática de actos que se afigurem pertinentes e que visem, sempre que possível, assegurar ou restabelecer a legalidade dos actos alvo de investigação;
5. Propor a participação aos órgãos de investigação criminal dos factos de que tenha conhecimento que possam ter relevância jurídico-criminal e colaborar com estes na obtenção de provas, sempre que solicitado;
6. Proceder a investigações quando tenha conhecimento de alegada violação de deveres por parte de funcionários, propor a instauração de processos disciplinares e acompanhar a sua tramitação junto da entidade competente;
7.  Executar as demais tarefas que lhe sejam atribuídas e que não sejam competência de outro serviço.